الحمد لله.
أولا : نسأل الله تعالى لك الشفاء والعافية ، والمعافاة الدائمة في الدين والدنيا .
ثانيا : يجوز أخذ حبوب منع الدورة للتمكن من أداء العبادة كالاعتكاف والعمرة والحج ، ولكن بشرط ألا تكون مضرة بالبدن ، وحيث إنك تعانين من المرض الذي ذكرت ، فلابد من استشارة الطبيب قبل أخذ هذه الحبوب ، للتأكد من عدم معارضتها لعلاجك ، وعدم إضرارها بك ، والمسلم مأمور بالمحافظة على بدنه ، وعدم إلحاقه الضرر به ؛ لقوله تعالى : (وَلا تَقْتُلُوا أَنْفُسَكُمْ إِنَّ اللَّهَ كَانَ بِكُمْ رَحِيمًا ) النساء/29 ، وقوله : ( وَلا تُلْقُوا بِأَيْدِيكُمْ إِلى التَّهْلُكَةِ ) البقرة/195 ، وقول النبي صلى الله عليه وسلم : (لا ضَرَرَ وَلا ضِرَارَ ) رواه أحمد وابن ماجه (2341) وصححه الألباني في صحيح ابن ماجه .
وقال في الآداب الشرعية" (2/463) : " وتحرم المداواة بكل مضر " انتهى .
وعلى هذا ، فإن كانت هذه الحبوب مضرة فلا يجوز لك تناولها ، ويمكنك البدء في الاعتكاف ثم إذا حصل الحيض خرجت من المسجد وقطعت الاعتكاف وهذا عذر لك في قطعه بل هذا هو الواجب عليك لأن الحائض لا يجوز لها أن تبقى في المسجد .
أما إن كانت غير مضرة فلا حرج عليك في تناولها .
والله أعلم .