Alabado sea Dios.
No hay nada de malo con el trabajo que tú mencionas, no importa que el departamento esté supervisado por el ministerio de finanzas, y que ese ministerio a su vez supervise impuestos y tasas aduaneras. Lo que importa es el trabajo que tú estés realizando, y que ese trabajo esté libre de cualquier elemento o actividad prohibida por la ley islámica. Si el trabajo que realizas es permisible, entonces es permisible el salario que obtienes por él.
Y Allah sabe más.