Alabado sea Dios.
Lo que puede entenderse por tu pregunta es que este trabajo por el cual recibes este porcentaje como comisión está separada de tu trabajo regular en la compañía, por el cual recibes un salario fijo.
Por lo tanto este trabajo cae bajo un contrato separado entre la compañía y tú, y tu pago por él es esta comisión. Los eruditos difieren sobre si es permisible o no pagar un porcentaje de las ganancias.
El Imam Áhmad (que Allah tenga misericordia de él) sostuvo el punto de vista de que es permisible.
Esto ha sido discutido previamente en la respuesta a la pregunta No. 134658.
Basándonos en esto, no hay nada de malo con que aceptes una comisión en pago por el trabajo que haces.
Y Allah sabe más.