Alhamdulillah.
Pertama:
Thawaf dalam keadaan tidak suci merupakan masalah yang diperselisihkan para ahli fiqih. Pendapat jumhur ulama adalah bahwa thawaf tidak sah tanpa berwudu.
Penjelasan tentang hal ini telah diuraikan dalam jawaban soal no. 34695.
Kedua:
Keraguan yang anda alami, apakah anda sedang junub atau tidak, tidak ada pengaruhnya. Karena anda tidak meyakini keluarnya mani. Pada dasarnya seseorang dianggap suci dan tidak berhadats hingga didapati sesuatu yang menunjukkan sebaliknya.
An-Nawawi berkata, "Siapa yang yakin bahwa dirinya telah bersuci, lalu dia ragu apakah telah berhadats, maka dia masih dalam keadaa bersuci. Karena yakin tidak dibatalkan oleh keraguan."
Syekh Ibnu Utsaimin rahimahullah berkata, "Jika seseorang yakin bahwa dirinya telah bersuci, lalu dia ragu berhadats, maka dia harus berpatokan pada hal yang yakin. Perkara ini bersifat umum dalam perkara kewajiban mandi atau wudhu..."
Kemudian beliau memberikan contoh, "Seseorang bangun dari tidur, lalu dia mendapatkan ada basah, sementara dia tidak mimpi jimak, kemudian dia ragu, apakah itu mani atau bukan? Maka tidak wajib baginya mandi karena keraguan tersebut." (Asy-Syarhul Mumti', 1/190)
Dengan demikian, maka thawaf anda sah dan apa yang anda lakukan adalah benar.
Sebagai tambahan, perhatikan soal no. 83025.