Хвала Аллаху.
Если Вы с посредником договорились, что заплатите 40 000 за то, чтобы проживать во время путешествия по священной земле в комнате для двоих, то посредник обязан выполнять свой договор. Сказал Всевышний Аллах:
يَا أَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُوا أَوْفُوا بِالْعُقُودِ
О те, которые уверовали! Будьте верны обязательствам (сура аль-Маида, аят 1). Сказал посланник Аллаха, да благословит его Аллах и приветствует: Мусульмане соблюдают свои договоры (Абу Дауд № 3594). Аль-Альбани в Сахих Аби Дауд сказал, что хадис достоверен.
Поэтому ему недозволено просить оплаты дополнительной суммы. Так как вы изначально договорились о комнате для двоих во время всего путешествия, то ему также недозволено утверждать, что первая сумма служила оплатой только комнаты в Медине.
Для решения этого вопроса следует опираться на форму того договора, который вы заключили между собой, а не на то, что он взял с другого дополнительную плату или нет. Отношения с каждым человеком строятся на основе договора и договоренностей. Агентство или посредник имеет право для некоторых паломников оказать безвозмездную помощь.
Если Вы твердо уверены, что в Вашем договоре было сказано о комнате для двоих на время всего путешествия, то есть и в Медине, и в Мекке, то Вы не обязаны платить дополнительную сумму. И это положение не меняется из-за того, что Вы были согласны оплатить её.
А Аллаху ведомо лучше.