Хвала Аллаху.
Сотрудник обязан следовать тем условиям трудового договора, на которых он договаривался с работодателем, если только в них нет условий, противоречащих Шариату. Сказал Всевышний Аллах:
يَا أَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُوا أَوْفُوا بِالْعُقُودِ
О те, которые уверовали! Будьте верны обязательствам (сура аль-Маида, аят 1). Пророк, да благословит его Аллах и приветствует, сказал: Мусульмане должны следовать условиям (своих договоров), если только это не условия, которые делают запретным дозволенное или делают дозволенным запрещенное (ат-Тирмизи № 1352; аль-Албани в Сахих сунан ат-Тирмизи сказал, что хадис достоверен).
Если ситуация была такой, как Вы написали, что Ваш непосредственный начальник дал Вам отпуск, тогда как сама фирма и ее устои не дают ему такие полномочия, то Вам запрещено брать отпуск только по согласию начальника. Так как тем самым Вы нарушаете условия договора. Заработную плату, которую Вы получили за нерабочие дни, Вы обязаны вернуть фирме, даже если Вам придется придумать что-нибудь ради этого. При этом Вы не обязаны признаваться в том, что произошло на самом деле.
А Аллаху ведомо лучше.