الحمدلله.
اولا: کسی که سهام را به قصد تجارت (خرید و فروش آن) خریده است واجب است که در پایان حَول زکات آن را به شکل زکات کالای تجاری بدهد و قیمت سهامش را به قیمت بازار حساب کند و یک چهلم آن را زکات دهد.
اما کسی که سهام را به قصد نگه داشتن آن و استفاده از سودش خریده نه برای خرید و فروش، اینجا زکاتِ سود آن را می‌دهد و همچنین زکات آنچه معادل پول نقد است از اموال شرکت را نیز می‌دهد. برای توضیح بیشتر این مسئله، پاسخ شمارهٔ (69912) را ببینید.
ثانیا:
اگر حَول (سال زکاتی) سر رسید و هنوز برخی از اقساط بر عهدهٔ شماست لازم است که زکات سهم را بدون در نظر گرفتن اینکه اینها قسط است پرداخت کنی زیرا قرض در صحیح‌ترین اقوال علما بر زکات اثر نمی‌گذارد و این مذهب امام شافعی ـ رحمه الله ـ است. نگا: «المجموع» (۵/ ۳۱۷) و «نهایة المحتاج» (۳/ ۱۳۳).
شیخ ابن عثیمین ـ رحمه الله ـ می‌گوید: «آنچه من ترجیحش می‌دهم این است که زکات به شکل مطلق واجب است حتی اگر قرضی بر عهدهٔ او باشد که از نصابش کم می‌کند، مگر قرضی که بازپرداختش قبل از حلول زکات سر رسیده باشد که واجب است آن را ادا کند سپس زکات آنچه باقی مانده را بدهد» (الشرح الممتع: ۶/ ۳۹).
والله اعلم.